病原治疗病毒性肠炎一般不需病原治疗，可自愈。细菌性肠炎，最好根据细菌药物敏感试验结果选用抗菌药。患细菌性痢疾时，因痢疾杆菌对常用抗菌药广泛耐药，应对症治疗补充液体及纠正电解质和酸中毒。
轻度脱水而且呕吐不重者，可口服补液葡萄糖或蔗糖、加水。脱水或呕吐较重者，可静脉输入生理盐水葡萄糖。减少肠道蠕动和分泌性药物。
可止痛及止泻。