1、炎症反应产生的大量代谢产物，也会毒害精子，或改变精子的生存环境，使精子活动力下降、死精子增多，造成畸形精子率上升，精子数量减少等。
2、附睾炎如果是由淋球菌、结核杆菌、支原体、衣原体等病原体感染引起的，不仅会发生炎症反应而损害精子，而且极易引起附睾管腔的缩小或堵塞，导致附睾尾部与输精管连接处不完全性或完全性梗阻。这是一种难以逆转的附睾炎后遗症，精子被堵截在附睾管内出不去，只能慢慢困死或任由宰杀，从而造成梗阻性少精症或无精子症。
3、有的病原体(如支原体、衣原体)吸附在精子表面，使其活动力降低甚至丧失。
4、当附睾发生炎症时，身体的自卫系统就会立即行动，白细胞、淋巴细胞等免疫细胞和体液免疫物质进入发炎的附睾管内，对病原体产生清除反应，形成医学上所说的免疫反应，产生免疫细胞，同时免疫细胞对机体自身组织的识别能力明显下降，直接与精子表面或精浆中的抗原物质发生免疫反应，形成抗精子抗体。