巧克力囊肿和子宫内膜异位症有关。巧克力囊肿生长在女性的卵巢上，囊壁一般都很脆。巧克力囊肿可能会具有一种自发破裂的倾向。
当卵巢巧克力囊肿自行破裂了以后，小的破口可以很快自行恢复，并和四周组织形成粘连，假如破口较大，则无法自行恢复，其浓稠的巧克力样囊内液可流入腹腔，这种巧克力样液体的刺激性极强，可刺激四周的腹膜，引起剧烈的腹痛。