胚胎停育的原因很多，最主要的是胚胎发育不好，比如胚胎13三体综合征等，往往是受精卵形成时染色体重组异常造成，属于个别现象，本次胚胎停育对下次妊娠多半没有影响。
有时胚胎停育能够查到明确原因，比如父母双方染色体异常，虽然父母双方没有表现，但是可以在胚胎发育上表现出来，通过检查父母双方染色体可以确诊。