引起卵巢囊肿的原因主要有：下丘脑-垂体-卵巢轴功能异常，临床上很多病人和多囊卵巢综合征病人的基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果。
体腔上皮反复受经血激素或慢性炎症的刺激可以化生为子宫内膜样组织形成子宫内膜异位症，80%的子宫内膜异位症发生在卵巢与卵巢生发上皮的化生潜能有关。