最常见的是染色体发育异常。感染因素也是胚胎停育的常见原因，比如孕妇生殖道感染，或者有病毒感染，如风疹病毒、巨细胞病毒感染等，都会造成胚胎停育。
免疫因素和内分泌因素。母体的情况和环境因素也会造成胚胎停育，比如母亲合并某些疾病。服用药物、环境影响，都会造成胚胎停育。
胎盘发育异常，也会引起胚胎停育。男方精液异常，也是胚胎停育的一个原因。