前列腺囊肿一般是前列腺的腺体在胚胎发育期受到障碍，导致前列腺腺管的扩张，形成囊性占位，是真性的前列腺囊肿。另外，由于中肾导管与中肾旁管发育异常，管腔部分扩张也可以导致先天性的囊肿。
前列腺慢性炎症可以导致管腔狭窄，如果分泌物潴留，那么会形成一个炎症性的囊肿。寄生虫感染也可以导致前列腺管腔发炎，引起囊性扩张。