先天性结肠炎，先天性肠道过长、肠道闭锁、肠狭窄、肠旋转不良、先天性巨结肠等病症都会使婴儿便秘。宝宝的肠道过长，造成排便时间拉长，水分被肠道吸收后就会导致便便变硬。
时间一久，宝宝的肠道内就堆积起过多的便便和气体，令肠管膨胀引起疾病，从而导致便秘。平时体弱多病，机体代谢能力差的宝宝，也会在排便时感到困难，形成便秘。