造成胎儿畸形的原因可能是母体或者环境的因素，也可能是遗传因素，如放射线对胎儿的影响，就会造成胎儿畸形。还有化学制剂比如药物，在怀孕的时候如果不慎服用，也有可能会造成胎儿的畸形。
因此在备孕时期和妊娠期用药，应该在医生指导下合理用药。如果在孕期孕妇感染了微生物，也会导致胎儿感染，并导致胎儿畸形，比如风疹、巨细胞和单纯疱疹病毒等等。