子宫内膜异位症的发病原因目前尚未十分明确，可能与一些因素有关：经血逆流：月经期有少量带有内膜组织的经血逆流至盆腔，在盆腔内继续种植、生长、浸润，形成包块；
体质因素：异位内膜能够种植，与个人盆腔环境有关，可能合并盆腔炎症、免疫功能失调等；遗传因素：具有一定家族聚集性，发病可能与遗传有关，若家族中有子宫内膜异位症，则女性直系亲属患病率较一般人群高。