自身免疫性脑炎后遗症主要为癫痫发作、精神发作及记忆力障碍等。癫痫发作需服用抗癫痫药。精神发作表现为精神异常、行为异常、胡言乱语、沟通障碍、无法正常工作与学习，此类可给予抗精神病药物，经积极治疗原发病后精神症状会逐渐得到控制；
自身免疫性脑炎多数影响边缘系统如颞叶、海马体等部位，导致出现记忆力下降。