肛门疼痛产生的主要原因是肛管齿状线以下对痛觉非常敏感的体神经支配，易感受各种不良刺激，其中若只是痛不肿，且痛如撕裂状，多为肛裂，坠胀刺痛者多考虑血栓性外痔，内痔嵌顿，肛周外伤，重坠灼痛多考虑肛窦炎，直肠炎，要外痔合并感染等，肛周肿痛高突者，多考虑为肛门周围脓肿。
肛周酸胀隐痛，伴有面红，低热，盗汗，考虑结核性脓肿，如肛周肿块坚硬如石，考虑恶性肿瘤。