目前确诊巧克力囊肿的金标准是做腹腔镜手术，并将囊肿切除送病检，只有病检看到囊肿内有异位的内膜组织，才可以100%确诊是巧克力囊肿。
但检查彩超可以看到巧囊的大小，而且囊肿内会有网状分隔，同时回声不会特别均匀。这类女性往往会伴有进行性的痛经症状，检查CA125也会明显增高，所以在手术前就可以根据B超和痛经症状来大概判断。