宫颈囊肿一般为宫颈糜烂在愈合的过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口，或者可以伸进腺管，同时将腺管口堵塞，腺管周围的结缔组织增生或者瘢痕成压迫腺管，使腺管变窄或者出现堵塞，腺体分泌物引流受阻，从而滞留行成囊肿，称为宫颈囊肿。
在慢性子宫颈炎时，子宫颈腺体及周围组织都会出现增生，同时使腺管出现腺管扩张引起囊肿。