引起睾丸囊肿的致病菌是常见的大肠杆菌和葡糖球菌，这些细菌大多是因为泌尿生殖系统的其他炎症，经过输精管逆流进入附睾组织当中，继而在附睾内部繁殖引起睾丸囊肿。
男性朋友的机体抵抗力下降，病原菌常在此时趁机侵入附睾引起炎症。会阴部位长期处于高温潮湿的环境当中，很利于滋生细菌，从而引起泌尿道感染，并且导致睾丸有囊肿现象。