卵巢早衰导致女性处于低雌激素状态。皮肤可失去光泽，黏膜缺乏弹性，阴道干涩，阴道分泌物减少。经期可缩短，经量减少，少数出现经期完全紊乱，最终出现闭经。
女性卵巢早衰，孕激素缺乏，可导致代谢紊乱，出现骨质流失，严重者发生骨质疏松，患心脑血管疾病的风险可增加。卵巢早衰还可导致自主神经受损，出现潮热、盗汗、性格不稳定等症状，严重者出现抑郁症。