习惯性流产的临床表现与一般流产相同，亦可经历先兆流产、难免流产、不全或完全流产几个阶段。早期仅可表现为阴道少许出血，或有轻微下腹隐疼，出血时间可持续数天或数周，血量较少。
一旦阴道出血增多，腹疼加重，检查宫颈口已有扩张，甚至可见胎囊堵塞颈口时，流产已不可避免。如妊娠物全部排出，称为完全流产;仅部分妊娠物排出，尚有部分残留在子宫腔内时，称为不全流产，需立即清宫处理。