慢性扁桃体炎无肯定有效的保守疗法，但中药、扁桃体局部用药、冷冻、理疗等皆有人试用。也可进行扁桃体切除术。过去，为防止扁桃体病灶引起严重并发病，扁桃体切除术甚为普遍。
近年由于认识到扁桃体具有免疫功能，对切除扁桃体是否有益发生争议。故手术已较前有所减少。对手术适应证、手术效果及切除扁桃体是否会影响机体免疫功能等也存在不同见解。