慢性直肠炎多是由于细菌、霉菌、病毒、原虫等微生物感染，或者是过敏、变态反应所致，治疗没有明确规范，可以选择中医治疗，口服一些健脾补肾、益气除湿的中药。
也可以选择中药灌肠，效果明显，西医治疗主要是抗感染促进胃肠蠕动，必要的营养支持，慢性直肠炎的一定要养成良好的饮食习惯，注意饮食卫生，注意休息，清淡饮食，保持良好情绪。