一般卵巢囊肿行手术治疗时多数是连同卵巢切除的，实施这种治疗方法时，通常不会对卵巢造成影响，但偶尔为了确定将整个囊肿切除，就必须把整个卵巢，甚至连输卵管也一起切除。
因为有两个卵巢，切除一个卵巢后仍然可以生育。如果已经有了子女，或者是已经过了绝经期，把两个卵巢及子宫一起切除掉。
这是由于一旦罹患了某种囊肿，它们有复发的可能，囊肿复发时会有患癌症的危险。