阴茎流脓需要考虑阴茎癌以及淋球菌性尿道炎。阴茎癌多见于包皮过长并且局部卫生差的病人，主要表现为阴茎头部溃烂、包皮与阴茎头粘连明显以及局部流脓并伴有臭味，需要取溃烂处组织做病理检查，如果诊断为阴茎癌，需要手术治疗。
淋球菌性尿道炎主要症状是尿道口流脓、尿频以及尿痛等，一般有不洁性生活史，分泌物培养出淋球菌，可以明确诊断，需要抗感染治疗。