40天药物流产，有可能流干净，也有可能流不干净。药流前，是无法准确预知药流的结局的。药流前要先到医院做B超检查，白带常规检查，心电图检查，血常规等检查，如果没有药物流产的禁忌症，比如异位妊娠，过敏体质，青光眼，心血管疾病等，再服用药物流产的药物，服药的过程中，注意观察妊娠囊排出情况，以及阴道流血情况。