肛瘘的治疗首选的就是手术，唯一的方法也是手术，其他的方法都只是缓解症状，而治疗肛瘘的手术又分很多种，好比肛瘘切开术、肛瘘的剔除术、瘘管剔除术，还有什么补片的填充，免疫制剂的填充等等，很五花八门，各种方法很多。
另外肛瘘的患者为避免增加胃肠功能的负担,不利于排便,建议是以纤维食物为主,控制油腻性饮食。