必须选择对厌氧菌敏感的抗生素.厌氧菌对氨基糖甙类抗生素常有抗药性.大多数厌氧菌,除脆弱类杆菌外,均对青霉素G敏感.林可霉素的抗菌谱与青霉素G相仿,如病人对青霉素过敏时可选用.氯霉素几乎对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌在内均有效,但缺点是有骨髓抑制的危险性.厌氧菌对四环素,红霉素和氯霉素的敏感性有差异,且在治疗过程中迅速产生抗药性,氯林可霉素对厌氧菌感染的疗效优于林可霉素,但它和林可霉素一样,有时会引起致命的假膜性结肠炎.在抗菌药中,疗效最好的首推甲硝唑,对所有的厌氧菌包括脆弱类杆菌有效.Sharp等发现甲硝唑的疗效优于氯林可霉素和林可霉素,该药价格便宜,即使长期使用也无严重并发症.甲硝唑不仅可口服(500mg,每日三次),灌肠(每次1~2g),国内已有静脉制剂,0.5%100ml,静滴每日2~3次.口服甲硝唑和静脉滴注甲硝唑在结肠手术前准备中的作用,证明这两种方法均能有效地降低伤口的感染率。