甲沟炎一般是由于细菌或是真菌感染导致的，因此需要根据病因确定治疗方法。如果是真菌感染，可以外用抗真菌的药物，细菌感染可以使用抗生素类药物治疗。
细菌感染引起的甲沟炎相对比较容易治疗，痊愈也很快；而真菌具有较强的生存和繁殖能力，因此真菌性甲沟炎治疗期更长。除用药治疗外，甲沟炎患者日常应注意保持患处的卫生，按时清洁。
如果患病位置是脚趾，则应选择透气性较好的鞋子。