上颚有小疙瘩的情况可能是正常结构、口炎、根尖周炎、小唾液腺炎症等。上颚的正常结构有腭皱、切牙乳头、小唾液腺等，需要口腔检查才能知道这个小疙瘩是不是正常的上颚结构。
另外疱疹型口炎也可表现出上颚的小水泡、溃疡，有些患者就可能感觉是上颚疼痛的小疙瘩。还有两种少见的情况，一是上颌牙的根尖周出现炎症，在腭侧出现瘘管口，二是上颚的小唾液腺发生炎症或阻塞，造成局部的隆起。
建议有这种情况的患者尽早到口腔医院进行专科检查，可用看看黏膜科，然后查明具体原因再进行治疗。