奥美拉唑的副作用主要有口干、恶心、呕吐、腹胀、便秘、腹泻、腹痛等，肝功能异常表现为转氨酶的增高，一般情况是一过性转氨酶增高，停药后转氨酶能够降到正常。
神经系统表现可有感觉异常、头痛、头晕、嗜睡、失眠，内分泌系统表现为维生素B12的缺乏。奥美拉唑是消化系统常用于抑治胃酸分泌的药物，主要治疗胃十二指肠溃疡、反流性食管炎、胃泌素瘤等症状。