患有双侧卵巢囊肿时的处理方法、治疗方式取决于患者年龄是否恶性、囊肿体积、大小、生长速度。
1.在月经干净3~7天复查彩超，确定是卵巢瘤样病变还是真正的卵巢肿瘤。如果囊肿直径小于等于5厘米，可以观察或口服避孕药2~3个月，如果自行消失那么考虑是为生理性的囊肿；如果持续存在或者是继续增大，那么就是卵巢肿瘤，需要手术治疗。
2.如果囊肿活动好、囊性、表面光滑、没有腹腔积液、生长速度比较慢，考虑卵巢良性肿瘤时：年轻患者尤其是绝经前患者多采取卵巢囊肿切除术，而尽可能保留正常的卵巢组织；年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
3.囊肿为双侧、活动差、增长速度快、甚至为囊实性、表面不平、腹腔积液，考虑为恶性时，尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶。可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。