临床上茵陈可以用于治疗腹泻、月经过多或者预防流感、防治中暑等。单独使用这一味药大量煎服或者配伍大黄、栀子等药物使用，可以达到很好的清热利湿，利胆保肝的作用。
临床上也可用于退黄疸的治疗。对于体内湿热具有良好的调节作用，同时对于传染性或黄疸性肝炎等均有良好的调理作用。茵陈是一种全草入药使用的中药材。