临床上中药焦神曲功效是止泻、促进消化。该中药能有效缓解腹痛和胃肠功能障碍引起的腹泻，并能有效调节胃肠神经达到止泻效果，焦神曲是临床常用的中药，常与山楂、麦芽同用，治疗食滞所致的腹胀、恶心呕吐、腹胀腹泻等症。
焦神曲的副作用比较小，一般情况下不会产生一些副作用，但有些不符合神曲功能的疾病，如脾胃湿热、内火过盛、肝胆湿热等，不能服用。