临床上复方血栓通胶囊主要功效是活血祛瘀通络，益气养阴。因为它的主要成分是三七，黄芪，丹参和玄参四味中药，可以有效的起到活血通络去瘀的作用，也可以扩张血管，改善循环，抗凝血，抗血栓，还可以提高机体免疫力，提高机体的耐缺氧的能力。
主要可以治疗脑血管疾病以及眼底的静脉瘀阻，或者是因为血瘀引起的胸闷，胸痛，心慌，气短，心烦等等症状，还可以治疗肢体局部疼痛麻木，关节损伤疼痛等。