临床上三者的区别是针对HPV亚型不同。在临床上二价疫苗主要针对HPV16、18亚型，这两种亚型是导致宫颈癌的主要HPV亚型。
四价疫苗除了16、18亚型，还包括6、11两种亚型。6、11亚型不是用来预防宫颈癌，而是用来预防尖锐湿疣。而九价疫苗是在四价疫苗的基础上增加了31，33，45、52，58，五种亚型，在临床上抗预防宫颈癌的能力最强。
除此之外，二价四价和九价疫苗在年龄上也有具体的要求。通常二价疫苗建议9到25岁之间接种，四价疫苗建议20到45岁之间接种，九价疫苗建议可以在16到26岁之间进行接种。