临床上蛋白酶只能作用于蛋白质分子的一种结构并催化蛋白质的水解，因此有多种蛋白酶，如胃蛋白酶、胰蛋白酶等，主要是针对胃蛋白的代谢和水解。
只有水解蛋白才能产生有效的作用，参与人体正常的生理代谢，这就是为什么胃蛋白酶。最常见的胃蛋白酶，有助于消化，它能进一步促进胃蛋白酶原的分解，进而参与食物的消化吸收。