如果是氯喹敏感的疟原虫首选氯喹(孕妇可用）治疗；耐药虫株感染或恶性疟，则选择青蒿素类药物(对胎儿有毒性，孕妇需根据病情慎重选用。
如果是间日疟和卵形疟，而且患者不缺乏6磷酸果糖脱氢酶，可以应用伯氨喹，以减少复发的。如果是高热者可口服退热药；腹泻者予止泻补液；
口服小苏打或静脉滴注碳酸氢钠溶液以碱化尿液；神志改变者要注意卧床休息，有脑水肿者予脱水治疗,如果经利尿、补液等治疗后尿量仍少，则需床边超滤或血透治疗。
如果是血压明显下降者除了抗疟原虫治疗外，要扩充血容量，必要时给予升压药治疗的。