临床上窝沟龋早期感觉不到疼痛，只能感觉冷热刺激不适。检查可与色素沉着相鉴别。如果用口腔探头在口腔内没有发现实质性缺陷，那就是色素沉着。
临床如发现窝沟龋，应尽快进行相应的治疗。如果不及时发现和治疗，牙齿会被腐蚀成空壳，牙齿内部会充满腐烂的物质。因此，有必要尽快处理此类龋齿。
如果窝沟尚未患龋，早期窝沟封闭预防可有效避免窝沟龋的情况发生。