临床上阴茎癌的治疗主要是手术治疗、化疗和放疗。对于肿瘤局限没有出现远处转移的的主要是通过保留阴茎治疗（包括单纯包皮环切手术、局部激光治疗和放疗）、阴茎部分切除术、对于有区域淋巴结转移的需要行淋巴清扫术，最常见的是腹股沟淋巴结活检和腹股沟清扫术。
对于有远处转移病灶的也可以行远处病灶切除术。对于晚期阴茎癌的还可以选择放疗和化疗治疗。