患者有卵巢囊肿可以先行保守治疗，选择口服避孕药或中成药，促进囊肿消退，并且定期复查。如囊肿直径超过6cm，或出现腹部不适，甚至扭转、破裂等并发症，都是手术指征，不可以保守治疗。
另如怀疑囊肿为恶性，无论囊肿体积大小，都应行手术治疗。卵巢囊肿要首先明确囊肿的大小、大概性质、是否有不适症状，然后再选择处理方式。
体积较小，无不适症状，明确为良性的囊肿。