患者复杂性肛瘘治疗以手术治疗为主，急性发作期可以应用药物减轻症状。复杂性肛瘘由于发病形式复杂多样，所以治疗起来也相对困难，根据不同的形式需要选择不同的手术方式，比如肛瘘切开术、肛瘘切除术、低切高挂疗法等，手术后复发的几率相对较高，需要在术前充分评估、提高手术操作水平、术后加强换药等。
复杂性肛瘘是指肛瘘具有两个及以上的开口或者是瘘管的情况。