治疗巧克力囊肿的方法有:孕激素疗法、假孕疗法、雄激素疗法、假绝经疗法。对于有生育要求或者是肿物比较大的患者，可以采取手术治疗。
有生育要求的年轻患者，尽量切除病灶，保留子宫及一侧卵巢。没有生育要求的年轻女性可以切除子宫及一侧附件，对于没有生育要求的年龄比较大的女性，可以行子宫及双侧附件切除。
所以在治疗上需要根据年龄、症状轻重、病变程度和对生育的要求选择治疗方案。