在临床上常把甲胎蛋白当做肝癌的指标，甲胎蛋白大于400μg/L，连续四周以上，或者大于200μg/L，持续八周，需要高度怀疑是肝癌，另外，甲胎蛋白进行性的持续性升高，也要怀疑是肝癌。
甲胎蛋白是反映肝细胞再生能力的指标，肝细胞本身受损后有再生修复的这种能力，在慢性乙肝活动期，往往可以看到随着肝炎的活动，甲胎蛋白也是升高的，慢性肝病活动期或者重症肝病，都可以出现甲胎蛋白升高的情况。