由于新冠病毒侵犯呼吸道，因此以咽拭子和鼻拭子检测为主，其中下呼吸道分泌物检测的阳性率高于上呼吸道，对于高度怀疑的患者，上呼吸道核酸检测阴性时，应通过下呼吸道的标本，如支气管灌洗液或肺泡灌洗液进行再次检测。
也可以通过荧光RT-PCR和NGS方法在痰液、下呼吸道分泌物、血液、粪便、尿液标本中进行检测。近期发现肛拭子的检测可以提高阳性率，增加了肛拭子的检测。