手指甲上有凹陷的原因如下：
一、微量元素缺乏或贫血导致的指甲凹陷，要到医院化验微量元素和血常规，根据检查结果对症治疗即可。
二、由于遗传或后天甲母质，导致指甲营养不良。建议注意饮食规律。
三、长期从事体力劳动者，会导致手指末端血液循环不好，而导致指甲上出现凹陷。暂时不需要药物治疗。 建议及时到医院进行相关检查，在专科医生指导下进行治疗，以免耽误病情，错过最佳治疗时机。