胃窦糜烂可以应用抑酸药物、促进胃动力药物以及保护胃黏膜的药物来治疗： 如果进行胃镜检查，发现胃窦充血、水肿伴有糜烂，可通过抑制胃酸类药物治疗，例如奥美拉唑、兰索拉唑等属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸的分泌，同时可起到保护胃黏膜的作用。
如果是摄入食物不消化引起的胃不舒服，可以口吗丁啉促进胃部排空，增强胃肠道的动力。还可以配合着硫糖铝混悬液，保护胃粘膜，可以避免胃酸增多对胃粘膜造成伤害。
（以上药物儿童、孕妇及哺乳期妇女慎用） 同时在饮食上注意以易消化流质、半流质以食为主，避免辛辣刺激、油腻食物，不要饮酒，注意休息。
建议患有胃窦伴糜烂的患者，应到医院就诊，明确病因，在医生指导下使用药物，切勿私自使用药物，以免发生不良反应。