海南医学院第二附属医院（原海南省农垦总医院）是一家集医疗、教学、科研为一体的大型综合性三级甲等医院，2016年2月正式移交海南医学院管理，成为海南医学院直管附属医院，海南医学院第二附属医院是海南省、海口市及各市县医保、新农合、城镇医保定点医院，是卫生部指定的“爱婴医院”、“国际紧急救援中心网络医院”、卫生部支援扶持“西部医院”海南唯一定点医院、海南省“试管婴儿”定点医院、北京阜外心血管医院海南心血管技术培训中心、海南省肾脏移植定点医院、海南省先天性心脏病治疗“慈心之旅”定点医院、“微笑列车”（先天性唇腭裂治疗）定点医院。卫生部腹膜透析示范中心培育单位，全国县级医院血液净化培训基地，海南省危重孕产妇、危重新生儿转诊救治单位，海南省收治耐多药结核病唯一定点医院，国家级住院医师规范化培训基地，国家卫生与计生委临床药师培训基地，海南省教育厅唯一《公共卫生专业硕士联合培养基地》，19个学科专业获得招收硕士研究生资质。医院始建于1952年，分总院、东湖分院和乌石分院三个院区，占地面积约800多亩（总院386亩），总院和东湖院区设床位1800张，开设临床科室46个，医技科室24个，在职职工2556人，其中高级职称250人，硕博士150人，国优、省优专家18人，硕士导师28人。医院有先进设备628台，CT5部（其中1部双源CT）、核磁共振2部（3.0T、1.5T各一部）、数字胃肠X光机（5部）、数字化X光照片机（5部），西门子双C臂X光机；医科达高能直线加速器（放疗机）、后装放疗机、核通模拟定位机、CT-Sim激光定位系统；彩超（22台）；组织配型设备生化分析仪、化学发光仪、药物浓度测定仪、核医学扫描仪（ECT）；肌电图、诱发单位、动态脑电图、动态心电图，动态血压监测仪，24小时血糖测定仪（血糖手表）；超声波刀、手术能量平台；钬激光、2微米激光、弹道碎石机、高倍手术显微镜；脑立体定向仪；各学科“腹腔镜”、关节镜、胃镜、肠镜、胆道镜、胸腔镜、纤维腔镜和电子腔镜；泌尿外科各种腔镜，体外循环机和经食道腔内超声等。医院被海南省评为“五佳医院”，“花园式医院”，“卫生系统先进单位”，全省省级医疗单位行风评议五项满意医院，被授予“全国五一劳动奖”、“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”、“海南省先进基层党组织”等荣誉称号。