药流加清宫后的第五天肚子疼并不是没清干净。药物流产之后孕囊排出，还会有一定的子宫内膜。当子宫内膜脱落的时候，就会引起少量的出血，并且会引起子宫的收缩，这时候可能会引起疼痛。
药物流产之后，子宫的恢复可能需要一定的时间，需要1个月的时间。一般出血会有7-10天左右的时间，出血会引起子宫收缩的疼痛，这两者是相辅相成。
腰部的疼痛是因为子宫充血、盆腔充血而造成的腰部酸痛。