附睾畸形在不影响生育时，不需要治疗。若个人睾丸生精功能表现正常，可行辅助生殖治疗。手术治疗，节段性附睾闭锁者，可采取附睾管输精管吻合术治疗。
对于附睾畸形合并隐睾者，应及时行睾丸固定。主要是在进行精子质量检查时，通过问诊、B超等系列检查后，确诊附睾畸形，具体表现为附睾过长、囊肿或节段性闭锁，甚至附睾、输精管缺如。