阴茎特别小，可能与自身机体和发育的早晚时间有很大的关系。如果与同龄人的差别不是很大，都属于正常。如果比同龄人明显偏小，需要考虑雄激素水平减低以及肥胖引起的假性隐形阴茎。
阴茎的发育需要雄激素刺激，如果雄激素水平降低，可以导致阴茎发育迟缓短小等，需要做性激素测定。过度肥胖可以引起阴茎根部脂肪垫增厚，表现为阴茎短小，称为假性隐匿性阴茎，需要控制体重。