小便的时候阴茎刺痛是因为尿道有炎症。要注意有没有不洁的性交史，尿道口有没有流分泌物，如果有，就是尿道感染。绝大多数都是不洁性交导致的，淋球菌感染或者非淋感染导致，也可能同时都有感染导致的。
需要取分泌物检查，确定是什么病原菌导致的，如果是淋球菌感染导致的，就需要使用消炎类的药物静脉滴注，同时要多喝水。
如果是非淋感染导致的，要使用抗菌消炎类的药物口服，期间多喝水，不喝酒，不吃辛辣刺激食物。