引起畸形精子症的原因比较复杂，目前认为可能的原因包括以下几方面：
1、感染原因：生殖道和生殖腺体的病原微生物感染可以导致精子畸形率升高；
2、精索静脉曲张：精索静脉曲张可以导致非成熟精子以及圆头精子数目的增加，畸形精子比率升高；
3、环境因素：环境污染，接触生活中的化学性物质；
4、遗传因素：对于不明原因但精子畸形率异常升高的不育患者应当考虑遗传性疾病的可能；
5、药物因素：长期或者大剂量应用激素、化疗药及部分抗生素也可以导致精子畸形率升高；
6、物理因素：接触高温环境，接触放射性物质；
7、其它因素：如喝酒、吸烟等不良生活习惯等。