照蓝光对新生儿的危害主要是眼睛视网膜的损伤，治疗的过程中，每个孩子都是要戴眼罩的。蓝光照射过程中还是会出现皮疹，停止蓝光，一两天就会恢复。
蓝光治疗过程中会出现有发烧，腹泻，大便次数增多。医生会给予相应的处理，全天的液体需要量，也会增加每公斤20毫升。
蓝光照射还会引起低钙。蓝光照射可能会对性腺有损伤，需要保护。蓝光照射是新生儿退黄最直接的一种方式，副作用不大，治疗过程中，医护人员都会对孩子做相应的防护。